三氧治疗的机理主要是，因其具有高效、快速、广谱的杀菌特性，对细菌繁殖体、细菌芽胞、病毒、真菌、病原体等致病微生物有极强的杀灭作用；在杀菌的同时，其释放于水中的高浓度活性氧还能提高机体的免疫功能，并促进上皮细胞的生长和创面的愈合；此外，通过生成过氧化物和刺激淋巴细胞及单核细胞产生的细胞活素，增强噬菌作用；通过修正血细胞膜结构、优化血管床、降低血液粘滞度，从而改善微循环和组织的新陈代谢。

      人体正常的健康细胞由于有着强大的抗氧化系统保护，不会与三氧发生作用。而细菌、病毒、微生物以及人体的非健康细胞不具有这一抗氧化系统的保护，加之三氧氧化的精准性，使得三氧治疗对人体健康细胞是无害的。